Villa Mondragone è una delle dodici Ville Tuscolane realizzate dalla nobiltà papale nel XVI secolo a Frascati. I lavori di costruzione iniziarono nel 1567 per volere del Cardinale Marco Altemps che affidò il progetto a Martino Longhi il Vecchio. La costruzione terminò nel 1573 e il cardinale la dedicò all’amico papa Gregorio XIII Boncompagni (il cui stemma di famiglia era un dragone), che vi passava gran parte del suo tempo, tanto che il cardinale la dovette far ampliare per alternarsi con lui. Nel 1582 fu proprio dalla villa che promulgò la bolla papale Inter gravissimas, che diede avvio alla riforma del Calendario Gregoriano.
Villa Mondragone ebbe il suo massimo splendore durante l’epoca della famiglia Borghese che la acquistarono nel 1613, insieme a tutte le altre proprietà degli Altemps; nel 1614 viene acquistata anche Villa Taverna (oggi chiamata Parisi). Per volere di papa Paolo V nel 1616 iniziarono dei lavori di ristrutturazione che finirono solo nel 1620. Tra gli architetti che lavorarono alla villa ricordiamo il Vasanzio, fu lui a realizzare la famosa Fontana dei Draghi che si trova nel piazzale, sua è anche la facciata meridionale della palazzina e molto altro.
Carlo Rainaldi lavorò al giardino segreto e agli altri giardini per buona parte del XVII secolo; a Girolamo Rainaldi invece si deve la realizzazione del Portale delle Armi, il nuovo unico ingresso che dava accesso alle tre proprietà (Villa Vecchia,Mondragone,Taverna). Furono ospiti di questa villa papi come Clemente VIII e Paolo V e nel 1865 la villa venne donata ai Gesuiti dal principe Marcantonio V Borghese diventando la sede estera del collegio Ghisleri e successivamente si inaugurò il collegio di Mondragone. Nel 1981 la villa fu venduta all’università degli studi di Roma di Tor Vergata.