Villa Farnesina fu edificata ai primi del ‘500 per volere di Agostino Chigi, detto il Magnifico, ricchissimo banchiere e imprenditore di origine senese.
Nel maggio del 1505 l’imprenditore affidò il progetto della villa a Baldassarre Peruzzi, pittore, architetto e scenografo anche lui di Siena, a cui si aggiunsero anni dopo Raffaello e Sebastiano del Piombo.
Oltre alla Villa, la proprietà comprendeva l’edificio delle scuderie, disegnato da Raffaello, una loggia sull’argine del Tevere e un ricco insieme di giardini.
A Baldassarre Peruzzi si deve l’affresco che contorna la Stanza del Fregio e la volta della Loggia di Galatea con scene mitiche che alludono al cielo astrale di Agostino.
Nel 1577 la villa fu acquistata dal cardinale Alessandro Farnese proprietario di un palazzo di rappresentanza dall’altro lato del Tevere, alla ricerca di una residenza di svago nelle vicinanze. Da allora la residenza fu chiamata “ Farnesina”.
La proprietà passò ai Borbone nel 1714 e poi all’ambasciatore spagnolo Bermudez de Castro di Ripalta.
Infine la proprietà passò nel 1927 allo Stato Italiano ed attualmente la villa è proprietà dell’Accademia Nazionale dei Lincei, la più antica accademia scientifica del mondo.